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El río Ayuquila-Armería es uno de los 43 ríos más importantes en México, nace en las sierras de Quila, Cacoma, Tapalpa y Manantlán desembocando en la costa de Colima tras un recorrido de aproximadamente 240 km. Este drena una superficie de 9,795 km2 que incluyen parte o todo el territorio de 23 municipios, para conformar el mayor sistema fluvial del estado de Colima y el segundo en importancia para Jalisco. Es sustento de más de 60,000 ha de cultivos y de aproximadamente 350,000 habitantes en ambos Estados. Los cultivos más importantes son caña de azúcar, jitomate, chile, limón, hortalizas, sandía, papaya, palma de coco, melón y mango cultivados en forma tradicional, y más de 100 ha de sistemas agroindustriales privados. Pero también existen algunos aprovechamientos forestales, ganadería y pesca de baja escala. La economía del sector secundario está limitada al ingenio azucarero, la destilación de agave y algunas maquiladoras pequeñas. En el sector de servicios existen oportunidades de turismo alternativo de montaña, ecoturismo y turismo de aventura, así como un comercio importante por la concentración de estudiantes en el Centro Universitario de la Costa Sur y preparatorias incorporadas.
En la porción media de la cuenca, donde se sitúa la Junta Intermunicipal de Medio Ambiente para la Gestión Integral de la Cuenca Baja del Río Ayuquila (JIRA), las actividades económicas de la cuenca completa están representadas en una superficie de 4,010km2, que albergan a una población mayor a 133,000 habitantes. Como resultado de las actividades productivas así como de la concentración de la población en zonas urbanas, los principales problemas ambientales identificados son:
- Contaminación de agua y suelos por descargas de aguas residuales, el manejo inadecuado de residuos sólidos y agroquímicos.
- Deforestación y cambio de uso de suelo de aptitud forestal por agropecuario.
- Contaminación del aire por quemas agropecuarias, incendios forestales y uso de pesticidas.
Dentro del territorio de la JIRA se localizan dos importantes áreas naturales protegidas, la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán y el Parque Nacional Nevado de Colima que son administradas respectivamente por la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) y el Gobierno del Estado de Jalisco en co-administración con la CONANP. Esta condición denota la importancia de la región en términos de biodiversidad e hidrología.
La JIRA se encuentra en la cuenca media del río Ayuquila – Armería localizada en la porción sur del estado de Jalisco y norte de Colima entre las coordenadas geográficas 18° 51´40´´ a 20° 21´ 01´´ de Latitud Norte y 104° 36´44´´ a 103° 36´31´´ de Longitud Oeste, con una altura sobre el nivel del mar que varía desde los 740 hasta los 4182 metros. El territorio es identificado por el Gobierno del Estado como perteneciente a tres regiones económicas, Sierra de Amula, Costa Sur y Sur de Jalisco.
En el ámbito de la JIRA se encuentran cinco embalses, tres de ellos importantes para Jalisco y el vecino estado de Colima. Las presas son Trigomil (250 millones de m3), Gral. Ramón Corona Madrigal conocida localmente como Tacotán (149 Mm3), Basilio Badillo también conocida como Las Piedras (145.72 Mm3), Charco Azul (6 Mm3) y Alcaparrosa (5 Mm3). En conjunto tienen una capacidad máxima de almacenamiento de 555.72 millones de m3 de agua para riego, volumen que representa un cuarto (27%) del total de agua almacenada en Jalisco http://www.ayuquila-armeria.col.gob.mx/presas.htm y http://www.ceajalisco.gob.mx/presajal.html. El volumen del agua disponible en la presa Las Piedras, que corresponde aproximadamente a 25% del almacenamiento en la cuenca Ayuquila – Armería, surte las necesidades de riego agrícola en el estado de Colima.
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