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Los términos restauración y rehabilitación son válidos de acuerdo con los objetivos del proceso que se pretende instalar en sitios de interés previamente identificados. Restauración implica la búsqueda de un estado idealizado para un ecosistema, generalmente más vinculado a la conservación de biodiversidad. La rehabilitación es una alternativa para recuperar un ecosistema, más vinculada al aprovechamiento de recursos naturales y/o mantenimiento de su funcionalidad en términos de mantener los bienes y servicios ambientales que éste puede ofrecer.
Debe quedar claro que para implementar cualquiera de estos procesos, se requiere contar con información básica suficiente sobre el funcionamiento y distribución del ecosistema a una escala apropiada para el manejo (1:20,000), así como del interés y acuerdo de los dueños de la tierra para llevarlo a cabo. Estos son quizá los pasos más importantes y generalmente los menos atendidos en la planificación de recursos del sector público, destinados financiar actividades asociadas a estos procesos.
En el margen del río Ayuquila se han desarrollado algunas actividades de reforestación vinculadas a procesos de investigación y participación ciudadana, donde han colaborado el municipio de El Grullo, la Universidad de Guadalajara, La Fundación Manantlán para la Biodiversidad de Occidente AC, el Ingenio Melchor Ocampo y grupos SUMATE.
Las perspectivas de trabajo en la JIRA, tienden a generar un Programa de Restauración / Rehabilitación de los ecosistemas, dando prioridad a los ribereños y de montaña, con el fin de frenar el deterioro ambiental al que actualmente están sujetos. Para ello se integrará un equipo de planeación que incluye investigadores y expertos en el tema, instituciones de gobierno y no gubernamentales, así como la participación ciudadana en diferentes etapas.
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