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Investigadores de la Universidad de Guadalajara en el Centro Universitario de la Costa Sur, adscritos al Departamento de Ecología y Recursos Naturales – IMECBIO (DERN-IMECBIO), han descrito que en los últimos 20 años el principal factor de deterioro del río Ayuquila en la parte media de la cuenca ha sido la contaminación del agua, principalmente por las descargas de aguas residuales de la industria azucarera local y de los principales asentamientos humanos de la región.
Esta aseveración ha sido posible porque estos investigadores comenzaron desde el año 1989, un proyecto de monitoreo de la calidad del agua en el río a lo largo de nueve puntos establecidos río arriba del Ingenio Melchor Ocampo (IMO) y hasta la confluencia del río Ayuquila con el Tuxcacuesco (aprox. 71 km del cauce), ubicando algunos de estos puntos en sitios estratégicos como los sitios donde llegan las aguas residuales de Autlán y El Grullo, así como las confluencias de los arroyos Manantlán y Tonaya.
La generación, actualización y disponibilidad de la información sobre la calidad del agua en la parte media de la cuenca, ha permitido generar estrategias de trabajo y propuestas que se han planteado a los Ayuntamientos involucrados en la JIRA así como a instancias de gobierno Estatal y Federal, para la toma de las decisiones más correctas hacia lograr el saneamiento del agua en el cauce del Ayuquila. De esta forma también se han podido conocer los cambios ocurridos en el río, después que el IMO ha dejado de significar una fuente de contaminación, como producto de varios años de gestión y negociaciones establecidas entre los representantes de la industria con las instituciones asociadas en la Iniciativa Intermunicipal para la Gestión de la Cuenca del Río Ayuquila (IIGICRA), que llevaron al IMO a modificar sus procesos productivos.
Actualmente el monitoreo de la calidad del agua se continúa realizando por los investigadores del DERN-IMECBIO con el Dr. Luis Manuel Rivera Martínez como responsable, con una aportación significativa por parte de la JIRA. Pero además existen otros estudios específicos que han sido encargados por la propia JIRA y la Gerencia Operativa de la Comisión de Cuenca del Río Ayuquila – Armería
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